Το ΠΜΣ στην Πολιτική Οικονομία είναι ένα καινοτόμο μεταπτυχιακό πρόγραμμα που προσφέρει μια εναλλακτική προσέγγιση στη μελέτη των οικονομικών φαινομένων. Σε αντίθεση με τα συμβατικά προγράμματα οικονομικών, το ΠΜΣ τοποθετεί στο κέντρο της ανάλυσης τις σχέσεις εξουσίας, τις κοινωνικές συγκρούσεις και τις δομικές ανισότητες που διαμορφώνουν τις σύγχρονες οικονομίες.
Το πρόγραμμα βασίζεται στην παραδοχή ότι η οικονομική επιστήμη δεν διαμορφώνεται εν κενώ αλλά μέσα από αντιλήψεις και πεποιθήσεις, όπως αυτές μεταβάλλονται στην πάροδο του χρόνου και εκφράζουν διαφορετικά, συγκρουόμενα συμφέροντα. Σε αυτό το πλαίσιο, οι οικονομικές θεωρίες αντανακλούν συγκεκριμένες ιδεολογικές και πολιτικές θέσεις. Το Πρόγραμμα ενθαρρύνει τους φοιτητές και τις φοιτήτριες να αναπτύξουν κριτική στάση απέναντι σε όλες τις σχολές οικονομικής σκέψης.
Το πρόγραμμα προωθεί τη διδασκαλία πολλών οικονομικών σχολών σκέψης, από την κλασική πολιτική οικονομία (Smith, Ricardo, Marx) έως τη σύγχρονη Μετα-Κεϋνσιανή θεωρία, αλλά και τη δεσπόζουσα οικονομική θεώρηση. Οι φοιτητές και οι φοιτήτριες μαθαίνουν να συγκρίνουν και να αξιολογούν διαφορετικές θεωρητικές προσεγγίσεις, αναπτύσσοντας τη δική τους αναλυτική σκέψη.
Το πρόγραμμα συνδέει τη θεωρητική ανάλυση με τη μελέτη συγκεκριμένων οικονομικών προβλημάτων, όπως είναι η ελληνική οικονομική κρίση, ανισότητες στην ευρωζώνη, τις μεταβολές στις εργασιακές σχέσεις κ.ά.